Dans la seconde moitié du XVIème siècle, Trie fut touchée par les guerres de religion comme le reste de la région. Ces guerres de religion qui opposaient les protestants aux catholiques, marquèrent fortement l’histoire de Trie. Au mois d’août 1569, une troupe de Montgonmery (capitaine réformé), passa à Trie pour se rendre à Navarrenx alors qu’une autre passait par Lannemezan. La ville était certainement sur ses gardes et put fermer ses portes à l’approche du capitaine Huguenot. Par contre, le monastère situé à l’extérieur de la bastide, mal protégé, subît impuissant les assauts furieux des troupes protestantes. Le couvent fut brûlé et détruit de fond en combles. L’église échappa à la destruction même si Montgonmery essaya de la brûler. Les habitants du monastère (entre 20 et 25 personnes) furent tués, mutilés puis jetés dans le puits du cloître. Seul le prieur ne subit pas ce traitement. L’histoire raconte qu’il était parent avec un des chefs des Huguenots. A ce titre, il réclama une faveur. Le chef lui répondit: « Aussi n’ai-je garde de vous traiter comme eux; ainsi vous rendrez les honneurs dus à votre naissance et dignité, et serez pendu au-dessus de la porte principale du couvent ». C’est ainsi qu’il obtint sa faveur. De plus, les intempéries détruisaient les récoltes et plongeaient les habitants dans une famine des plus graves. Plusieurs personnes succombèrent en 1592. Au préalable, Trie avait été frappée durant trois mois par la peste (1589-1590). Au XVIIème siècle, Trie était régulièrement traversée par des troupes de soldats et devait donc payer des sols (anciens sous) à ces derniers. Ainsi Trie, qui était célèbre pour le grand nombre de passages qu’elle subissait, a vu s’épuiser ses deniers publics et privés. En 1654, la peste ravageait une nouvelle fois le pays. Et cette misère fut accrue par d’autres évènements dramatiques. En 1660, Audijos, un Béarnais qui était à la tête d’une troupe de pillards de trois mille personnes, arriva à Trie. Les portes lui étant fermées, il brûla la banlieue. La grêle détruisit aussi la totalité des récoltes en 1693. Le XVIIIème siècle fut pratiquement la copie conforme du XVIIème. En effet, la peste sévit de nouveau en 1721 alors que la grêle mît à sac les récoltes en 1762.